A plataforma de proteômica do ICC oferece análises de proteínas por espectrometria de massas acoplada à cromatografia líquida (LC-MS/MS). As análises fornecem dados qualitativos e quantitativos de peptídeos/proteínas. As análises oferecidas podem auxiliar na compreensão do funcionamento de sistemas biológicos, na identificação de marcadores presentes em patologias, entre outros. A plataforma efetua desde o preparo das amostras proteicas, análise por LC-MS/MS, até a identificação automatizada das proteínas presentes na amostra. Para isso, a subunidade conta com espectrômetros de massas de alta resolução e cromatógrafos líquidos UHPLC, além de equipamentos auxiliares no preparo das amostras e na produção de insumos para a cromatografia. Os tipos de amostra aceitos pela unidade incluem extrato proteico total de células, tecidos ou vesículas extracelulares, amostras proteicas obtidas através de purificação por afinidade, meio de cultivo condicionado, entre outras.